Das Gebäude, in dem sich das Museum befindet und das sich in Arkadiankatu und Pohjoinen Rautatiekatu im Zentrum von Helsinki befindet, wurde 1913 erbaut. Es wurde ursprünglich für das Alexander Lyceum gebaut, eine russischsprachige Kadettenschule, in der die Schüler durch ihre militärischen Uniformen ausgezeichnet wurden. Das Gebäude wurde von zwei russischen Architekten, Lev P. Chichko und M.G. Chayko, und die Architektur ist ungewöhnlich extravagant, vor allem die Haupttreppe. Nach der finnischen Unabhängigkeit im Jahr 1918 wurde das Gebäude eine finnische Kadettenschule. Als die Schule das Gebäude 1923 räumte, wurde es von der Universität Helsinki erworben und für die Nutzung als zoologisches Museum umgebaut. Die ersten Sammlungen basierten auf Spenden einer privaten Gesellschaft namens Societas pro Fauna et Flora an die Universität von Helsinki.