El edificio que alberga el museo y se encuentra en Arkadiankatu y Pohjoinen Rautatiekatu en el centro de Helsinki fue construido en 1913. Originalmente fue construido para el Alexander Lyceum, una escuela de cadetes de habla rusa donde los estudiantes recibieron uniformes militares. El edificio fue diseñado por dos arquitectos rusos, Lev P. Chichko y MG Chayko, y la arquitectura es inusualmente extravagante, especialmente la escalera principal. Después de la independencia finlandesa en 1918, el edificio se convirtió en una escuela finlandesa de cadetes. Cuando la escuela abandonó el edificio en 1923, fue adquirido por la Universidad de Helsinki y reconstruido para su uso como museo zoológico. Las primeras colecciones se basaron en donaciones de una empresa privada llamada Societas pro Fauna et Flora a la Universidad de Helsinki.